Γεννήθηκε στις 2/2/1915 στην Ορντού του Πόντου. Ο πατέρας του  Ευστάθιος ήταν ράφτης και η μητέρα του Μαρία, οικοκυρά .Είχε ένα μεγαλύτερο κατά πέντε χρόνια αδελφό το Γιώργο (1910-1972).

Στην Ελλάδα ήρθε μόνο η μητέρα με τα αγόρια το 1922, αφού ο πατέρας πέθανε μετά από άγριο ξυλοδαρμό και δεν κατόρθωσε να επιβιβασθεί στο πλοίο για την πατρίδα. Ο μεγαλύτερος αδελφός του, ως  προστάτης της οικογένειας  δούλευε από μικρός, ασχολήθηκε με το εμπόριο και έδωσε την ευκαιρία στον Αγαθόνικο που του είχε αδυναμία, να σπουδάσει.

Αποφοίτησε από το Γ΄ Γυμνάσιο Αρρένων Θεσσαλονίκης και σπούδασε στο Μαθηματικό Τμήμα του Α.Π.Θ., το οποίο τελείωσε με ΑΡΙΣΤΑ.

Δούλευε ως καθηγητής μαθηματικών, αρχικά κάνοντας ιδιαίτερα μαθήματα και στη συνέχεια δημιούργησε  το πρώτο του φροντιστήριο σε νοικιασμένο ακίνητο στην οδό Τσιμισκή. Αργότερα, μεταφέρθηκε στο ιδιόκτητο φροντιστήριό του στην οδό Πρ. Νικολάου, νυν Αλεξ. Σβώλου, όπου δίδαξε τα μαθηματικά που λάτρευε από το 1950 μέχρι το 1980. Όλα του τα χρόνια διάβαζε ασταμάτητα. Ήταν λάτρης της λογοτεχνίας και της ιστορίας και είχε μια βιβλιοθήκη που αριθμούσε περί τους  5.500 τίτλους βιβλίων.

Ταξίδεψε πολύ, γνώρισε όλη την Ελλάδα (όπου δούλευε στις διακοπές του και ως αρχηγός εκδρομών), την Ευρώπη, την Αμερική και  έφτασε μέχρι το Σινικό Τείχος.

Ζούσε μόνος του, λιτά, έκανε καθημερινές δίωρες πεζοπορίες στο δάσος  γιατί πρέσβευε ότι η υγεία του πνεύματος είναι άρρηκτα δεμένη με την υγεία του σώματος.

Υπήρξε αστείρευτη πηγή γνώσεων τις οποίες προσπαθούσε να μεταλαμπαδεύσει όποτε του δινόταν η ευκαιρία ως δεινός ομιλητής. Βοηθούσε όπου και όποτε μπορούσε τους συνανθρώπους του κάνοντας πλούσιο φιλανθρωπικό έργο  και ποτέ δε λησμόνησε τις ρίζες και την ταπεινή καταγωγή του.

Πέθανε στις 29/1/2010 στη Θεσσαλονίκη. Με ιδιόγραφη διαθήκη δώρισε στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης το φροντιστήριο που με τόσο κόπο απέκτησε και δίδαξε επί τριάντα συναπτά έτη, δείχνοντας  έτσι την ευαισθησία και το θαυμασμό που έτρεφε στο έργο της ακαδημαϊκής κοινότητας του Α.Π.Θ. Το κληροδότημα αυτό έχει στόχο να  δώσει τη δυνατότητα σε αριστούχους φοιτητές του Μαθηματικού Τμήματος που στερούνται τα οικονομικά μέσα να συνεχίζουν με υποτροφία τις σπουδές τους στο εξωτερικό, ακολουθώντας το όνειρό τους.. Επιπλέον δώρισε το σπίτι στο οποίο διέμενε μαζί με το σύνολο  των βιβλίων του στο Δήμο Θεσσαλονίκης, δημιουργώντας έτσι ένα νέο πνευματικό στέκι.